gconf-editorで, /desktop/gnome/peripherals/keyboard/general/update_handlers の値を, 適用したい xmodmap ファイル名にする. .Xmodmapを作成したときに出てくるダイアログではこの値を更新していて, それがなんかの拍子に消えちゃったのが原因っぽい. な…